Sepolte le spoglie mortali del Beato, non cessò nei confratelli e nei paesani il ricordo delle sue angeliche virtù; e ben fondata era tale fede perchè, dopo breve tempo, furono veduti fiorire dei candidi gigli sulla sua tomba anche nella stagione più cruda.
I frati, presi da meraviglia per quel prodigio, procedettero a scavare la terra della sepoltura e trovarono il corpo del Beato ancora intatto con un giglio che usciva dalla bocca. Fu allora deciso di trasferire il corpo del camposanto nella chiesa e fu posto in un'umile urna, collocata in un altare appositamente costruito nel luogo in cui trovasi ora l'altare del Crocifisso.

Poichè la devozione verso il Beato si faceva sempre più grande, fu costituita, fino d'allora, (1313) la «Compagnia del SS. Sacramento e del B. Antonio», compagnia che ha oltre sei secoli di vita e che annoverò sempre, come annovera ancora, fra i suoi componenti, tanta parte della popolazione di Monticiano e  dintorni. La Compagnia ha in custodia il corpo del Beato e la Chiesa, ne celebra le feste e ne promuove la devozione.

Nel 1616, riconosciuta poco adatta la precedente collocazione del corpo, fu costruito un alitro altare dalla parte opposta, ov'è ora la Madonna del Buon Consiglio e lì fu collocata l'urna con la seguente iscrizione:

"Hic jacet c'orpus Beati Antonii de Patritiis ordine Eremitarum S. Augustini"

L'altare fu fornito di un grande quadro, ancora ben conservato, del pittore Senese Rutilio Manetti, rappresentante il transito del Beato.

Il 16 gennaio 1695, a richiesta del cardinale F. M. de' Medici, che lo volle come reliquia, fu tagliato, da apposita commissione, il dito indice del piede destro. Nella difficile operazione fu veduto commuoversi tutto il corpo del Beato, con grande stupore e spavento dei circostanti.

L'urna contenente la salma del Beato era ridotta, dopo quattro secoli, in condizioni poco decorose; perciò il marchese Filippo Patrizi, anche per l'intervento del Sacerdote Don Ignazio Moggi, ne fece, con larga munificenza, costruire una a Roma nel 1700. La nuova è costituita da cornici dorate con intagli finissimi, è difesa da cristalli alle pareti ed è listata di specchi a diamante. Nell'interno trova si un prezioso trapunta e un guanciale di velluto rosso, di seta, con trine d'oro nel contorno.

Quest'urna, veramente preziosa, fu portata a spalla, da Siena a Monticiano, il 18 marzo 1700, e il 15 aprile vi fu deposto il corpo del Beato, rivestito con abito di seta e coronato con una ghirlanda di pietre finissi me intarsiate. Gli furono messe tra le mani tre rosette di effetto magnifico e il giglio che posa sul petto.

Il vecchio altare male si adattava alla bellezza della nuova urna, e perciò i fratelli Galgano e Giovanni Vannuccini, spinti da piissimo e lodevolissimo pensiero, fecero rimettere a nuovo l'altar maggiore con apposita arca di sopra per collocarvi l'urna. Il 28 aprile 1708, con grande pompa e grandi feste, vi fu posto il corpo del Beato.
A ricordare lo storico avvenimento fu posta, a piè dell'altare, la seguente iscrizione:( Intactum per tot. saecula B. Antonii Patritii, Populi, huius, Patrocinium, ac decus, ex dicata, quondam, illi, ara ad hanc Galganus et Joannis Vannuccini piis impensis in nobiliorem formam restitutum Patroni sui, devota societas trasferendum curavit. A. D. MDCCVIII ».

Nel 1946, a cura,della Compagnia, e per iniziativa del solerte arciprete D. Carlo Rossi, furono sostituiti i due sportelli di legno, che chiudevano l'arca, con un'artistica inferriata di ferro battuto che si alza e si abbassa con apposito meccanismo. Tra l'inferriata e la cassa scorre un bel velario di damasco rosso. L'altare, poi, è stato rimesso, in parte, nel severo stile della chiesa, togliendo la barocca fodera di gesso che ne copriva la facciata anteriore e rimettendo alla luce le sei leggiadre colonnette di travertino che ne sorreggono il piano. Anche i gradini dei candelieri sono stati liberati dal vecchio intonaco e rivestiti di marmi senesi di bell'effetto. Il tabernacolo, interamente rinnovato è, anch'esso di tavertino finissimo e di artistica fattura su disegno dell'architetto Bellini. Lo sportello che lo chiude è in argento lavorato a sbalzo; su di esso è rappresentato il Beato Antonio in atto di adorazione dell SS. Sacramento.

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tratto dall'opera: Vita del Beato Antonio Patrizi di Pietro Salvatici